主要是指水中的腐殖酸和富里酸化合物、生活污水和工业废水的污染物。其中含有动植物纤维、油脂、粮类、染料、有机原料等。水中的有机物有个共同特点，就是要氧化分解，需要消耗水中的溶解氧，而导致水中缺氧，同时会发生腐败发酵，使细菌滋生，恶化水质，破坏水体。有机物过多是引起水体污染的主要原因之一。
水中的水生动物、植物、或微生物的繁殖和腐烂而发出的臭味；水中有机物质的腐败分解而散发的臭味；水的溶解性气体如 SO2 、 H2S 、 NH3 ；溶解性盐类或泥土的气味、排入水体的工业废水所含如石油、酚类等臭味；消毒水过程加入氯气的气味。
由于水中含有悬浮及胶体状态的微粒，使的原是无色透明的水产生浑浊的程度称为浊度。浑浊度是一种光学效应，是光线透过水层时受到阻碍的程度，表示水层对于光线散射和吸收的能力。
水的色度是对天然水或处理后的各种水进行颜色定量测定时的指标。产生颜色的原因是由于溶于水的腐殖质、有机物或无机物造成。工业废水也可能使水体产生各种各样的颜色。例如：粘土 - 黄色，铁的氧化物 - 褐色，硫化物 - 浅蓝色，藻类 - 绿色，腐败的有机物 - 黑褐色。
水中有些金属阳离子，同一些阴离子结合在一起，在水被加热的过程中，由于蒸发浓缩，容易形成水垢，附着在受热面上而影响热传导，我们把水中这些金属离子的总浓度称为水的硬度。由于其它的金属离子在水中的浓度很低，故通常把水中的钙、镁离子的浓度看作是水的硬度。
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